动画以一个少年为故事轴心而展开连续3个独立故事的动画短篇，时代背景是从1990年代至现代的日本，通过少年的人生展现东京以及其他地区的变迁。第一话《樱花抄》描述贵树与明里年幼时恋爱的心情，以及他们重逢的一天，第二话《宇航员》描述以对进入高中就读的贵树怀有好感的澄田花苗的视角来展现贵树与明里分别后的生活，第三话《秒速5厘米》则刻画了贵树和明里长大后内心的种种彷徨。
在配这一段时，必须有一种凌驾于柔美之意的空灵（微微飘渺而不失柔美）。另一面必须表现出男主对女主的感情。
另外注意男女主的名字（是罗马音）：Akari和Takaki。需要读出日语的感觉与男主在叫女主时的感情（焦急）。
解读《秒速5厘米》最后两分钟
一部作品会表达一个思想或者一种观念又或者一些情怀，而在作品中深刻表达这一点的地方，我们称其为点睛之笔。无疑，秒速5厘米这部动画的最后一个场景就是这样一个点睛之笔。
新海诚用五十多分钟的时间做铺垫，终于在最后两分钟将自己想表达的感情用一个回头一个转身以及一个微笑释放了出来。
或许还有人执着于明里无名指上的戒指，又或者五十八分零十秒时微暗房间中睡在床上的贵树及另外某人，但新海诚想告诉我们的难道是再深刻的感情也会有变质的一天这样一种观点和主题吗？显然不是！
让我们再回到最后一个场景：
明里与远野于铁轨处擦肩而过，互相认出了对方。当两人走到铁轨的两边时，不约而同的转过了头。这时，飞驰的火车将两人的视线阻隔在了两边。当火车驶过后，远野发现明里已经离开。然后，在以每秒5厘米的速度飘落的樱花雨中，远野带着一丝微笑转身离开。
在这短短的两分钟内，其实把前面五十多分钟的故事梗概包含在了里面：
明里与远野在小时候相遇（在铁轨处相遇）
但终究两人走到了不同的地方（走到了铁轨的两侧）
虽然彼 此心中都有挂念（两人不约而同的转过了头）
但种种困难横亘在两人之间（飞驰的火车将两人的视线阻隔在了两边）
远野在回忆中迷茫，不接受任何新的幸福（远野面前飞驰的，不断变化却毫无改变的车厢）
当繁华落尽，明里找到了幸福（明里已经离开）
而远野也终于从迷茫中走了出来（远野带着一丝微笑转身离开）
新海诚想表达的是，曾经纯真的感情并不会随着时间的流失而消逝。即便这种感情因为种种原因没有得到完成，但它必定会是心里美丽的一段回忆。而龟缩于以往的美好希冀中，不敢接受新的幸福，只会使心越来越苍老，最后慢慢死去。回忆像酒，少许你便可觉得那其中的甘美，如果滥喝沉迷其中，只是一个神智不清的酒徒。在第一话的樱花树下，远野说过自己不知道应该如何对明里的爱负责，虽然明里的吻让他淡化了对这个问题的思考，但其实这个问题一直困扰着他，他喜欢明里，但他可以接受那个远在天边的明里，因为那个明里不需要让他有太多的压力，而身边的明里却会让他难受，就像他的工作最终被他放弃了，对于明里放弃或许才能让他活的轻松一点。
在每秒5厘米的速度飘落的樱花雨中，在幸福的往事中，远野迈开了前进的道路。两个渐行渐远的背影，包含了有爱无缘的伤感，更多的却是对幸福未来的憧憬。
关于秒速5厘米的解释
每秒5厘米似乎这个速度并不是很快，甚至可以说是很慢。人的步行速度都比它快。
可这个速度如果保持了13年呢。
名言：女主明里的一句话，一直难忘———“呐，你知道吗？听说樱花飘落的速度是秒速五厘米哦。" 秒速5厘米，那是樱花飘落的速度，那么怎样的速度才能走完我与你之间的距离？